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祁连圆柏叶有刺叶与鳞叶，幼树之叶通常全为刺叶，壮龄树上兼有刺叶与鳞叶，大树或老树则几全为鳞叶；鳞叶交互对生，排列较疏或较密，菱状卵形，长1.2-3毫米，上部渐狭或微圆，先端尖或微钝、微向外展或向内靠覆，背面多少被蜡粉，稀无蜡粉，腺体位于叶背基部或近基部，圆形、卵圆形或椭圆形；刺叶三枚交互轮生，多少开展，长4-7毫米，三角状披针形，上面凹，有白粉带，中脉隆起，下面拱圆或上部具钝脊, 先端成角质锐尖。
祁连圆柏雌雄同株，雄球花卵圆形，长约2.5毫米，雄蕊5对，花药3。 球果卵圆形或近圆球形，长8-13毫米，成熟前绿色，微具白粉，熟后蓝褐色、蓝黑色或黑色，微有光泽，有1粒种子；种子扁方圆形或近圆形，稀卵圆形，两端钝，长7-9.5毫米，径6-10毫米，具或深或浅的树脂槽，两侧有明显而凸起的棱脊，间或仅上部之脊较明显。
